12 évvel ezelőtt a Kilenc-farkú Rókadémon (Kyuubi) tartotta rettegésben a Konohagakure falut. A démon olyan erős volt, hogy farkának egyetlen suhintásával hegyeket tudod eltüntetni vagy szökőárokat tudott előidézni. A szörny rengeteg ember mészárolt le, azonban a Negyedik Hokagenak, saját életét feláldozva, sikerült elzárnia őt egy újszülött fiú testébe. Ez a fiú Uzumaki Naruto volt. Származása jelenleg még nem ismert.

A negyedik Hokagét (Yondaime Hokage) hősként ünnepelték a Kyuubi, a rókadémon elzárásáért. Ő azt szerette volna, hogy Naruto is abban a megtiszteltetésben nőjön fel, mint a kilenc farkú „tárolója”. Azonban a falú lakói magát a démont látták a fiúban, ezért féltek tőle és kiközösítették.

Bár a harmadik Hokage megtiltotta a falu lakóinak, hogy beszéljenek arról, amit tudnak. Még a saját gyerekeiknek sem mondhatták el a 12 évvel ezelőtt történteket. Azonban szüleik Naruto felé tanusított viselkedésükből a gyerekek is elkezdtek ellenségesen viselkedni a fiúval. Naruto így barátok, család és elismerés nélkül nőtt fel. Nem erőltethette azt, hogy az emberek barátkozannak vele, így máskép kellett magát észrevetettni. Ezt csínytevésekkel próbálta elérni. Ez azonban megváltozott, amikor hivatalosan is nindzsa lett. Ezt a többszörös árnyékklón technika (Multiple Shadow Clone Technique vagy Kage Bunshin no Jutsu) alkalmazásával érte el, amikor megmentette mesterét, Umuino Iruka-t az áruló nindzsa Mizuki karmaiből. Ez a kaland két dologra ébresztette rá Narutot: az egyik, hogy benne lakozik a kilenc farkú rókadémon; a másik pedig, hogy volt aki törődött vele (Iruka és a Harmadik Hokage). Naruto nindzsává válása indítja el az események folyamát.

A történet folyamán a cselekmény egyre dramatikusabbá válik. Uchiha Sasuke (ejtsd Ucsiha Szaszuke) Naruto legjobb barátja. Nagy döntés elé kerül: élje le életét barátaival együtt békésen, jól, vagy éljen a bosszúnak. Az utóbbit választja. Ehhez tudnunk kell, hogy Sasukénak szörnyű előélete volt: testvére megölte az egész klánjukat(szüleit is) csak, mert tesztelni akarta az erejét. Egyedül Sasukét hagyta életben. De nem könyörületből. Azt akarja, hogy ő is váljon olyan erőssé mint ő, és később harcoljanak. A titok, hogy olyan erőssé váljon mint testvére az, hogy megölje a legjobb barátját és ezáltal megszerez egy olyan képességet melyet csak az Uchiha klán tagjai szerezhetnek meg. Később Sasuke megpróbálja megölni Narutót, de nem sikerül neki. Ezután nem is akarja megpróbálni. Azzal az érvvel, hogy nem a testvére által jelölt úton akarja megszerezni. Ekkor úgy dönt elmegy Orochimaruhoz aki a történetben az egyik fő ellenség. Ezután a rész után a tévés sorozatban még kb. 100 része jön a sorozatnak, de az eredeti képrgényben úgy folytatódik a történet, hogy Naruto elmegy Jiraiya-val edzeni 2 évre.